Гора расположена в 20 км юго-восточнее посёлка Суккозеро, в 35 северо-восточнее посёлка Гимолы и в 40 км к юго-западу от крупного озера (водохранилища) Сегозеро. Воттоваара — наивысшая точка Западно-Карельской возвышенности — 417,3 м над уровнем моря. Площадь горы 6 кв. км. Район горы Воттоваара расположен в западном крыле Янгозерского синклинория — второго по величине (после Онежского синклинория) на Карельском кратоне. Воттоваара представляет собой кряж, вытянутый в субмеридиональном направлении приблизительно на 7 км, сложенный ятулийскими кварцитами и кварцито-песчаниками, разбитый многочисленными разломами, возможно обновлёнными в послеледниковое время.
